علی‌اکبر جوانفکر در مقاله‌ای در سایت خود، از محسنی‌اژه‌ای انتقاد کرد.
 
بدون تردید، آقای محسنی‌اژه‌ای، شخصیتی متدین، متین، باوقار و قابل احترام در راس دستگاهی مرکب از نیروهای مومن، دلسوز، مخلص و جان برکف است. انتظار می‌رفت که خصوصیات شخصیتی آقای اژه‌ای با کارآمدی و موفقیت وی در پیشگیری از وقوع حوادث ناگوار، کنترل و مهار بحران و کاهش آسیب‌های اجتماعی ناشی از آن، توام و جلوه‌گر می‌شد. نتیجه دور از انتظار از عملکرد وزیر اطلاعات، زمانی غیرقابل تحمل می‌شود که تدابیر مدیریتی در این سازمان حساس، به جای کاهش آسیب‌ها به افزایش و توسعه آسیب‌ها بینجامد و اصول اساسی کار در این نهاد مهم اطلاعاتی و امنیتی کشور به طور خواسته یا ناخواسته زیر پا گذاشته شود.
 
وزارت اطلاعات از جمله دستگاه‌های خاص در نظام جمهوری اسلامی ایران است که مدیریت آن باید برپایه هوشمندی فوق العاده، تعهد و پایبندی به سیاست‌های دولت، شناسایی دقیق و حرفه‌ای تهدیدها و فرصت‌ها و هماهنگ کردن تمامی دستگاه‌های کشور با هدف کم کردن آسیب‌ها و افزایش دستاوردها عمل کند و آقای اژه‌ای نه تنها این انتظار طبیعی را برآورده نکرد بلکه به شکل غیرمنتظره‌ای شاهد تاثیر منفی مدیریت وی در افزایش برخی آسیب‌ها بودیم.
 
وی افزوده است: تجارب ذی‌قیمت و منحصر به فرد و ظرفیت‌های بالا و بی‌نظیری از کارآمدی و توانمندی فکری و اطلاعاتی در درون وزارت اطلاعات وجود دارد که ثمره مجاهدت مستمر نیروهای خدوم و دلسوز آن در بحران‌های مختلف طی سه دهه اخیر است. با استفاده از این ظرفیت‌ها، امکان پیش‌بینی، مقابله هوشمندانه و مهار برخی حوادث و آثار سوء آنها فراهم می‌آید و اگر این ظرفیت‌ها و توانمندی‌ها در حوادث اخیر پس از انتخابات به کار گرفته می‌شد، با روشنگری‌های بهنگام، از بروز برخی خسارت‌های مادی و انسانی جلوگیری به عمل می‌آمد. این گفتار به منزله معرفی فردی به عنوان گناهکار نیست، بلکه درسی است که باید از حوادث آموخت و از آن پند گرفت. به برکناری وزیر اطلاعات از سوی رییس‌جمهور، تنها از این منظر باید نگریسته شود؛ چه اینکه ادعای انتقاد ناپذیربودن، برچسب ناروایی است که هیچ نسبتی با آقای احمدی‌نژاد به عنوان تامین‌کننده بالاترین سطح آزادی در کشور طی چهار سال گذشته ندارد.